Афанасий Иванович Долгов родился с 1725 г. в Калуге в купеческой семье. Русский.
Отец - Иван Осипович Долгов.
После прибытия в Москву в 1744, вместе со своим братом Лукой Ивановичем Долговым, были причислены в Московское купечество. Братья вели крупную заграничную торговлю пенькой, а привозили иностранные товары через Петербургский порт. Имели самый крупный доход среди купечества
С 1762 г. - стали вести торговлю отдельно друг от друга.
Купеческий старшина (1768), дважды избирался на должность ратмана второго департамента Московского городового магистрата (1779—1781 и 1786—1789)
1791 (1792)—1794 гг. - Московский городской голова
При Долгове продолжалось строительство Гостиного двора, начатое Михаилом Павловичем Губиным. При активной торговле иностранными товарами, в декабре 1792 года в Москве начался избыток товаров, вывезенных из Франции. Для их реализации, под руководством Долгова, Московская Дума вынесла решение отремонтировать Мытный двор на Москворецкой улице, хотя это не полностью решило проблему
Считался крупным благотворителем. Был известен под прозвищем "благочестивейший муж", которое получил от странников, отправляющихся на Афон, которых он снабжал деньгами на дорогу.
На средства Долгова, архитектор Василий Иванович Баженов - муж его племянницы, провёл полную реконструкцию церкви иконы Божией Матери "Всех скорбящих Радость" на Большой Ордынке, а также были пристроены колокольня и трапезная с двумя приделами в 1791году.
Долгов спас Симонов монастырь:
Императрицей Екатериной II Симонов монастырь был запечатан, а кельи превращены в казармы; одна церковь была оставлена, в которой полковой священник служил по праздникам. Москвичи очень жалели о монастыре; градской глава Афанасий Иванович Долгов по совещании с другими купцами решился просить Императрицу перевести казармы; он сообщил Императрице о чуде: , что в Пасхальную ночь,несмотря на то, что церковь была запечатана, в ней видели свет. Императрица согласилась перевести казармы, монастырь был снова открыт, Афанасий Иванович Долгов обновил его и положил 200 т. капиталу на его содержание.
Также были выделены средства на постройку приделов святых в церкви Тихвинской иконы Божией Матери Симоновского монастыря в 1796 году
Умер 5 марта 1804 года. Похоронен в своем любимом Симоновском монастыре, могила уничтожена в ХХ веке при советской власти
Владелец усадьбы в Замоскворечье: ул. Б.Ордынка владел усадьбой (1779–1804), построена в 1779 г. предположительно по проекту архитектора Василия Ивановича Баженова
Жена - Гликерия Ефимовна Болотина (Долгова) (1738—1806), дочери вяземского купца Ефима Кирилловича Болотина (1714—1755). Дети: Екатерина (1760—1763), Анна (1761—1763), Пётр (1764—1823), Екатерина (1766—1783), Анна (1770—1845), Александр (1772—1844), Наталья (1774—1786)