Евгений Сергеевич Черняев родился 28 марта 1955 г. в Москве в семье офицера ВМФ. Русский.
Отец - офицер Военно-Морского флота.
Окончил 8 классов средней школы.
Окончил Московский радиомеханический техникум (Замоскворечье, 1-й Щипковский переулок, д. 23).
Окончил Московский институт инженеров геодезии, аэрофотосъёмки и картографии.
Работал инженером в ОКБ океанической техники.
1975-1976 гг. - прикомандирован для работы над созданием глубоководных аппаратов "Пайсис" в Институт океанологии имени П.И.Ширшова, Калининград.
С 1976 г. работает в Институте океанологии имени П.И.Ширшова, Калининград.
1976-1985 гг. - участвовал в 16 экспедициях с использованием глубоководных обитаемых аппаратов (ГОА) "Пайсис VII" и "Пайсис IX"; сначала – бортинженер, затем – командир ГОА. Впервые в СССР в 1977 году с помощью этих подводных аппаратов были проведены исследования озера Байкал на глубинах до 1420 м. В последующих экспедициях "Пайсисы" провели многочисленные научные исследования океанических рифтовых зон.
1985-1987 гг. - принимал участие в строительстве глубоководных обитаемых аппаратов (ГОА) "МИР-1" и "МИР-2". В 1987 - 2008 годах участвовал в 37 экспедициях с использованием "МИРов", в том числе во всех девяти экспедициях на атомной подводной лодке "Комсомолец", и в 2002 году – в экспедиции на атомном подводном крейсере "Курск". На АПЛ "Комсомолец" Евгений Сергеевич совершил 24 погружения, на АПКр "Курск" – четыре. Позже именно Черняев нашел затонувший "Комсомолец" и вместе с другими участниками подводной группы провел консервацию носовой части лодки с использованием манипуляторов ГОА. Также он принял участие в исследовании затонувшего "Курска" с целью выяснения причины аварии, в ходе которого были отсняты более 10 часов видео и подняты на поверхность 30 фрагментов лодки.
Участник большого количества коммерческих подводных экспедиций, в том числе к месту гибели "Титаника" (совместно с американским режиссёром Д.Камероном; снялся в его фильме "Титаник" в роли самого себя, 1997).
Спускался к месту гибели германского линкора "Бисмарк", погибших кораблей и подводных лодок времён Второй мировой войны.
Летом 2007 года участвовал в российской Высокоширотной арктической глубоководной экспедиции "Арктика-2007" на Северный полюс. В задачу экспедиции входило более детальное изучение строения дна в приполюсном районе Северного Ледовитого океана, а также проведение ряда уникальных научных исследований. Одна из целей экспедиции – поиск научных подтверждений шельфа Северного Ледовитого океана для закрепления прав России на добычу полезных ископаемых на этом шельфе.
2 августа 2007 г. на дно Северного Ледовитого океана совершил спуск глубоководный аппарат "Мир-2" с экипажем: пилот Евгений Черняев, австралиец Майкл Макдауэл и председатель правления Международного центра "Ферринг" Фредерик Паулсен, на глубину в 4261 метр в географической точке Северного полюса был установлен флаг России и капсула с посланием к потомкам. Были совершены исследовательские работы.
7 августа 2007 года уникальная экспедиция была успешно завершена.
9 января 2008 г. - Указом Президента Российской Федерации присвоено звание Героя Российской Федерации - "за мужество и героизм, проявленные в экстремальных условиях, и успешное проведение Высокоширотной арктической глубоководной экспедиции"
В летние периоды 2008 и 2009 годов участвовал в качестве пилота ГОА "Мир" в исследованиях дна озера Байкал; были добыты новые ценные научные результаты. Всего к 2008 году совершил свыше 420 погружений на ГОА, провёл под водой 3890 часов.
Один из самых опытных глубоководников мира,
Государственные награды:
Золотая Звезда Героя Российской Федерации (2008)
орден Мужества (1994) - за проведение специальных подводных операций на АПЛ "Комсомолец",
орден Трудового Красного Знамени (1989) - за участие в создании ГОА "МИР-1" и "МИР-2"