В результате пониженной иммунной функции и неразнообразного питания, многие аутичные дети склонны к другим инфекциям, таким как рецидивирующие ушные инфекции, раздражение дыхательных путей, экзема и синусит. Это, конечно, обостряет проблему с передозировкой антибиотиков, как было описано ранее, потому что во многих случаях при этих заболеваниях выписываются антибиотики. Порой, другие дети, которые развивались нормально, начинают регрессировать после серьезных инфекций и у них развивается симптоматика аутизма. Это наталкивает на мысль, что эти инфекции могут стать запускающим механизмом для биомедицинского каскада аутизма.